IE에서는 플래쉬 플러그인을 끄는 기능이 없는줄 알았는데 찾아보니 존재하고 있었습니다
1. 인터넷 옵션 - 프로그램 - 추가기능관리 선택

2. shockwave flash object 선택, 설정에서 사용안함 체크

3. 익스플로러를 다시 실행하면 대체텍스트가 보입니다

이를 이용하여 오페라와 익스플로러에서 플래쉬 대체 컨텐츠 실험을 해보았는데 IE와 !IE의 Conditional comments를 적절히 이용하여 브라우저에 관계없이 대체컨텐츠가 나올수 있도록 하였습니다
<!--[if IE]>
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="530" height="72" id="gnbFlash">
<![endif] -->
<!--[if !IE]> <-->
<object type="application/x-shockwave-flash" data="../images/swf/navi.swf" width="530" height="72" id="gnbFlash">
<!--><![endif]-->
<param name="movie" value="../images/swf/navi.swf" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<p>대체텍스트</p>
</object>
주석때문에 pre태그를 써서 보여드렸습니다.
이때 주의 할점이 <![endif] –> 부분에서 ] 뒤로 공백이 한칸 있어야 된다는 것입니다
공백을 입력하지 않으면 <![endif] –>까지 대체 컨텐츠부분에 뿌려버리더군요 -_-;
추가 : 위 태그로 asp에서 돌리니 문법 오류가 납니다 (오브젝트를 두개로 인식하더군요)
정확한 이유는 모르겠지만 if문을 아예 두가지로 나눴더니 오류가 안나는군요
하지만 이렇게 하면 대체 텍스트를 두번 써줘야 된다는 단점이 ㅠㅠ
<!--[if IE]>
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,0,0" width="530" height="72" id="gnbFlash">
<param name="movie" value="../images/swf/navi.swf?flashpath=../images/swf/&m_def=2&s_def=3" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<p>대체텍스트</p>
</object>
<![endif] -->
<!--[if !IE]> <-->
<object type="application/x-shockwave-flash" data="../images/swf/navi.swf?flashpath=../images/swf/&m_def=2&s_def=3" width="530" height="72" id="gnbFlash">
<param name="wmode" value="transparent" />
<p>대체텍스트</p>
</object>
<!--><![endif]-->
추가(08.12) : 현석님의 도움으로 asp에서의 오류도 해결했습니다 코멘트를 참조해주세요 :)